En un número reducido de casos el tratamiento mecánico de desinfección periodontal no es capaz de eliminar de forma predecible algunos patógenos periodontales por la capacidad que tienen de infiltrarse en el interior de la encía. Cuando esto ocurre es necesario complementar el tratamiento de raspado con una pauta antibiótica vía oral.
Para prescribir el tipo de antibiótico más eficaz contra estos patógenos es pertinente tomar unas muestras de la placa alojada debajo de la encía y enviarlas a un laboratorio de análisis para su estudio microbiológico. Esta actuación no es dolorosa y no requiere anestesia local
