En los casos en los que los depósitos de placa y cálculo acumulados están tan profundos que no es posible eliminarlos con el raspado, se puede recurrir a la cirugía periodontal.
Es un procedimiento que consiste en separar cuidadosamente la encía del hueso para acceder a las raíces y limpiarlas a conciencia con la ayuda del aparato de ultrasonidos y de las curetas. También se retira el tejido de reparación destruido por la enfermedad y finalmente se recoloca la encía a su posición original con la ayuda de puntos de sutura que se mantendrán en boca durante 7 a 10 días. En este caso la pauta de antibiótico y/o de analgésicos y antiinflamatorios puede ser necesaria hasta 7 días de haber realizado la cirugía. También es posible que la pauta consista solamente en tomar un antiinflamatorio cada 8 o 12 horas durante 3 o 4 días